Il "Progetto San Gottardo" è strutturato su più livelli.

Accanto alla direzione, guidata da Marc Tischhauser, esiste il Comitato Direttivo del "Progetto San Gottardo". Tale comitato è formato da:

• Cantoni: Dr. Emil Kälin (UR)*, direttore; Eugen Arpagaus (GR), codirettore*; Arnoldo Coduri (TI); Werner Schnyder (VS).
• Regioni: Thomas Furger (REV Uri); Sep Cathomas (Regiun Surselva); Matteo Baggi (Tre Valli); Bernhard Imoberdorf (Region Goms); Dumeni Columberg (comune di Tujetsch)*.
• Specialisti: Riccardo De Gottardi (trasporti); Fabio Pedrina (politica) Capo progetto: Marc Tischhauser (capo progetto)*.

*= Comitato esecutivo